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вторник, 27 сентября 2016 г.

Устанавливаем kernel R essentials для Jupyter Notebook

После того, как я научился команде activate py35 (см. предыдущие посты), захотелось попробовать Jupyter Notebook c ядром nodejs, но не получилось, зато ядро R установил без проблем.

style="float:left; margin-right:10px;" Using R with conda How to install “R Essentials”


Download Microsoft R Open for Microsoft R Server 2016

How to install “R Essentials”

Download and install Anaconda Install the R Essentials package into the current environment:

In [ ]:
conda install -c r r-essentials

Update all of the packages and their dependencies with one command:

In [ ]:
conda update -c r r-essentials

Update a single package in R-Essentials (if a new version of the package is available in the R channel) with the command

In [ ]:
conda update r-XXXX

Установим

In [ ]:
[py35] C:\Users\alter_000\.ipython\kernels>conda install -c r r-essentials
Fetching package metadata: ......
Solving package specifications: ..........

Package plan for installation in environment C:\Users\alter_000\Anaconda\envs\py35:

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    r-3.1.3                    |                0        50.5 MB
    r-assertthat-0.1           |               0a          45 KB
    r-base64enc-0.1_2          |        r3.1.3_0a          25 KB
    r-bh-1.55.0_3              |               0a         5.2 MB
    r-bitops-1.0_6             |               0a          27 KB
    r-chron-2.3_45             |        r3.1.3_0a         102 KB
    r-colorspace-1.2_4         |               0a         372 KB
    r-dbi-0.3.1                |               0a         161 KB
    r-dichromat-2.0_0          |               0a         146 KB
    r-digest-0.6.8             |               0a          93 KB
    r-formatr-1.2              |        r3.1.3_0a          45 KB
    r-gtable-0.1.2             |               0a          63 KB
    r-gtools-3.4.1             |               0a         114 KB
    r-hexbin-1.27.0            |               0a         782 KB
    r-highr-0.5                |        r3.1.3_0a          29 KB
    r-iterators-1.0.7          |               0a         305 KB
    r-jsonlite-0.9.16          |        r3.1.3_0a         939 KB
    r-labeling-0.3             |               0a          40 KB
    r-lazyeval-0.1.10          |               0a          48 KB
    r-magrittr-1.5             |               0a         156 KB
    r-maps-2.3_9               |               0a         1.8 MB
    r-mime-0.3                 |        r3.1.3_0a          29 KB
    r-nloptr-1.0.4             |               0a         1.4 MB
    r-profilemodel-0.5_9       |               0a          67 KB
    r-proto-0.3_10             |               0a         455 KB
    r-r6-2.0.1                 |               0a          94 KB
    r-randomforest-4.6_10      |        r3.1.3_0a         148 KB
    r-rcolorbrewer-1.1_2       |               0a          26 KB
    r-rcpp-0.11.3              |               0a         2.2 MB
    r-repr-0.3                 |        r3.1.3_0a          45 KB
    r-rjsonio-1.3_0            |               0a        1008 KB
    r-rzmq-0.7.7               |        r3.1.3_0a         391 KB
    r-sparsem-1.6              |               0a         758 KB
    r-stringi-0.4_1            |        r3.1.3_0a         9.7 MB
    r-stringr-0.6.2            |               0a          73 KB
    r-uuid-0.1_1               |        r3.1.3_0a          20 KB
    r-xtable-1.7_4             |        r3.1.3_0a         372 KB
    r-yaml-2.1.13              |               0a          96 KB
    r-zoo-1.7_11               |               0a         849 KB
    r-brglm-0.5_9              |               0a          95 KB
    r-catools-1.17.1           |               0a         188 KB
    r-dplyr-0.4.1              |               0a         1.6 MB
    r-evaluate-0.7             |        r3.1.3_0a          37 KB
    r-foreach-1.4.2            |               0a         369 KB
    r-htmltools-0.2.6          |               0a          85 KB
    r-httpuv-1.3.2             |        r3.1.3_0a         500 KB
    r-irdisplay-0.3            |        r3.1.3_0a          24 KB
    r-markdown-0.7.7           |        r3.1.3_0a         109 KB
    r-minqa-1.2.4              |               0a         299 KB
    r-munsell-0.4.2            |               0a         122 KB
    r-plyr-1.8.1               |               0a         949 KB
    r-quantreg-5.11            |               0a         1.8 MB
    r-rcppeigen-0.3.2.3.0      |               0a         1.3 MB
    r-xts-0.9_7                |        r3.1.3_0a         613 KB
    r-glmnet-2.0_2             |        r3.1.3_0a         1.7 MB
    r-htmlwidgets-0.5          |        r3.1.3_0a         643 KB
    r-knitr-1.10               |        r3.1.3_0a         550 KB
    r-lme4-1.1_7               |               0a         3.6 MB
    r-reshape2-1.4.1           |               0a         291 KB
    r-scales-0.2.4             |               0a         151 KB
    r-shiny-0.11.1             |        r3.1.3_0a         1.5 MB
    r-ttr-0.23_0               |        r3.1.3_0a         270 KB
    r-bradleyterry2-1.0_6      |               0a         491 KB
    r-data.table-1.9.4         |        r3.1.3_0a         1.1 MB
    r-ggplot2-1.0.0            |               0a         2.6 MB
    r-pbkrtest-0.4_2           |               0a         204 KB
    r-quantmod-0.4_5           |        r3.1.3_0a         471 KB
    r-rbokeh-0.2.2             |        r3.1.3_0a         973 KB
    r-rmarkdown-0.5.1          |        r3.1.3_0a         1.1 MB
    r-tidyr-0.2.0              |        r3.1.3_0a          70 KB
    r-car-2.0_24               |               0a         1.3 MB
    r-caret-6.0_41             |               0a         3.8 MB
    r-irkernel-0.4             |        r3.1.3_1a          67 KB
    r-essentials-1.1           |        r3.1.3_0a          656 B
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       107.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    r:               3.1.3-0
    r-assertthat:    0.1-0a
    r-base64enc:     0.1_2-r3.1.3_0a
    r-bh:            1.55.0_3-0a
    r-bitops:        1.0_6-0a
    r-bradleyterry2: 1.0_6-0a
    r-brglm:         0.5_9-0a
    r-car:           2.0_24-0a
    r-caret:         6.0_41-0a
    r-catools:       1.17.1-0a
    r-chron:         2.3_45-r3.1.3_0a
    r-colorspace:    1.2_4-0a
    r-data.table:    1.9.4-r3.1.3_0a
    r-dbi:           0.3.1-0a
    r-dichromat:     2.0_0-0a
    r-digest:        0.6.8-0a
    r-dplyr:         0.4.1-0a
    r-essentials:    1.1-r3.1.3_0a
    r-evaluate:      0.7-r3.1.3_0a
    r-foreach:       1.4.2-0a
    r-formatr:       1.2-r3.1.3_0a
    r-ggplot2:       1.0.0-0a
    r-glmnet:        2.0_2-r3.1.3_0a
    r-gtable:        0.1.2-0a
    r-gtools:        3.4.1-0a
    r-hexbin:        1.27.0-0a
    r-highr:         0.5-r3.1.3_0a
    r-htmltools:     0.2.6-0a
    r-htmlwidgets:   0.5-r3.1.3_0a
    r-httpuv:        1.3.2-r3.1.3_0a
    r-irdisplay:     0.3-r3.1.3_0a
    r-irkernel:      0.4-r3.1.3_1a
    r-iterators:     1.0.7-0a
    r-jsonlite:      0.9.16-r3.1.3_0a
    r-knitr:         1.10-r3.1.3_0a
    r-labeling:      0.3-0a
    r-lazyeval:      0.1.10-0a
    r-lme4:          1.1_7-0a
    r-magrittr:      1.5-0a
    r-maps:          2.3_9-0a
    r-markdown:      0.7.7-r3.1.3_0a
    r-mime:          0.3-r3.1.3_0a
    r-minqa:         1.2.4-0a
    r-munsell:       0.4.2-0a
    r-nloptr:        1.0.4-0a
    r-pbkrtest:      0.4_2-0a
    r-plyr:          1.8.1-0a
    r-profilemodel:  0.5_9-0a
    r-proto:         0.3_10-0a
    r-quantmod:      0.4_5-r3.1.3_0a
    r-quantreg:      5.11-0a
    r-r6:            2.0.1-0a
    r-randomforest:  4.6_10-r3.1.3_0a
    r-rbokeh:        0.2.2-r3.1.3_0a
    r-rcolorbrewer:  1.1_2-0a
    r-rcpp:          0.11.3-0a
    r-rcppeigen:     0.3.2.3.0-0a
    r-repr:          0.3-r3.1.3_0a
    r-reshape2:      1.4.1-0a
    r-rjsonio:       1.3_0-0a
    r-rmarkdown:     0.5.1-r3.1.3_0a
    r-rzmq:          0.7.7-r3.1.3_0a
    r-scales:        0.2.4-0a
    r-shiny:         0.11.1-r3.1.3_0a
    r-sparsem:       1.6-0a
    r-stringi:       0.4_1-r3.1.3_0a
    r-stringr:       0.6.2-0a
    r-tidyr:         0.2.0-r3.1.3_0a
    r-ttr:           0.23_0-r3.1.3_0a
    r-uuid:          0.1_1-r3.1.3_0a
    r-xtable:        1.7_4-r3.1.3_0a
    r-xts:           0.9_7-r3.1.3_0a
    r-yaml:          2.1.13-0a
    r-zoo:           1.7_11-0a

Proceed ([y]/n)? y

Fetching packages ...
r-3.1.3-0.tar. 100% |###############################| Time: 0:01:29 593.03 kB/s
r-assertthat-0 100% |###############################| Time: 0:00:00 107.07 kB/s
r-base64enc-0. 100% |###############################| Time: 0:00:00  50.42 kB/s
r-bh-1.55.0_3- 100% |###############################| Time: 0:00:10 516.87 kB/s
r-bitops-1.0_6 100% |###############################| Time: 0:00:00 141.75 kB/s
r-chron-2.3_45 100% |###############################| Time: 0:00:00 182.80 kB/s
r-colorspace-1 100% |###############################| Time: 0:00:01 292.92 kB/s
r-dbi-0.3.1-0a 100% |###############################| Time: 0:00:00 214.62 kB/s
r-dichromat-2. 100% |###############################| Time: 0:00:00 183.99 kB/s
r-digest-0.6.8 100% |###############################| Time: 0:00:00 158.18 kB/s
r-formatr-1.2- 100% |###############################| Time: 0:00:00 118.78 kB/s
r-gtable-0.1.2 100% |###############################| Time: 0:00:00 151.10 kB/s
r-gtools-3.4.1 100% |###############################| Time: 0:00:00 167.66 kB/s
r-hexbin-1.27. 100% |###############################| Time: 0:00:01 435.86 kB/s
r-highr-0.5-r3 100% |###############################| Time: 0:00:00  46.51 kB/s
r-iterators-1. 100% |###############################| Time: 0:00:01 248.39 kB/s
r-jsonlite-0.9 100% |###############################| Time: 0:00:03 300.82 kB/s
r-labeling-0.3 100% |###############################| Time: 0:00:00 108.89 kB/s
r-lazyeval-0.1 100% |###############################| Time: 0:00:00 135.37 kB/s
r-magrittr-1.5 100% |###############################| Time: 0:00:01 131.63 kB/s
r-maps-2.3_9-0 100% |###############################| Time: 0:00:09 196.64 kB/s
r-mime-0.3-r3. 100% |###############################| Time: 0:00:00 147.92 kB/s
r-nloptr-1.0.4 100% |###############################| Time: 0:00:04 329.72 kB/s
r-profilemodel 100% |###############################| Time: 0:00:00 127.39 kB/s
r-proto-0.3_10 100% |###############################| Time: 0:00:01 316.69 kB/s
r-r6-2.0.1-0a. 100% |###############################| Time: 0:00:00 165.40 kB/s
r-randomforest 100% |###############################| Time: 0:00:00 198.63 kB/s
r-rcolorbrewer 100% |###############################| Time: 0:00:00  43.16 kB/s
r-rcpp-0.11.3- 100% |###############################| Time: 0:00:04 539.59 kB/s
r-repr-0.3-r3. 100% |###############################| Time: 0:00:00  58.18 kB/s
r-rjsonio-1.3_ 100% |###############################| Time: 0:00:04 249.79 kB/s
r-rzmq-0.7.7-r 100% |###############################| Time: 0:00:01 276.17 kB/s
r-sparsem-1.6- 100% |###############################| Time: 0:00:01 450.36 kB/s
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r-car-2.0_24-0 100% |###############################| Time: 0:00:04 310.15 kB/s
r-caret-6.0_41 100% |###############################| Time: 0:00:23 169.79 kB/s
r-irkernel-0.4 100% |###############################| Time: 0:00:00 125.65 kB/s
r-essentials-1 100% |###############################| Time: 0:00:00   0.00  B/s
Extracting packages ...
[      COMPLETE      ]|##################################################| 100%
Linking packages ...
[      COMPLETE      ]|##################################################| 100%

[py35] C:\Users\alter_000\.ipython\kernels>

Чтобы запустить R надо в окне терминала ативировать третий питон

In [ ]:
E:\IPython Notebooks\2016>activate py35
Deactivating environment "C:\Users\alter_000\Anaconda"...
Activating environment "C:\Users\alter_000\Anaconda\envs\py35"...

Notebook запустить из юпитера

In [ ]:
[py35] E:\IPython Notebooks\2016>jupyter notebook
[I 18:58:34.490 NotebookApp] The port 8888 is already in use, trying another random port.
[I 18:58:34.499 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: E:\IPython Notebooks\2016
[I 18:58:34.499 NotebookApp] 0 active kernels
[I 18:58:34.499 NotebookApp] The IPython Notebook is running at: http://localhost:8889/
[I 18:58:34.499 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip
confirmation).

И при клике по кнопке New можно выбрать (у меня сегодня варианты: Python 3, Javascript, R)



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